ไอโซคาร์โบสไตรล์เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสังเคราะห์ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบและยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและโรคเรื้อรังอื่นๆ ไอโซคาร์โบสไตรล์ยังเป็นสารตั้งต้นสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ที่ซับซ้อน ซึ่งช่วยในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับการออกฤทธิ์ของยา