1,3-ได-พี-โทลิลคาร์โบไดอิไมด์ ใช้หลัก ๆ เป็นสารเชื่อมโยงในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยช่วยในการก่อตัวของพันธะอะไมด์ระหว่างกรดอะมิโน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตโพลิเมอร์ โดยทำหน้าที่เป็นสาร стабилизаторเพื่อป้องกันการย่อยสลาย ในวิทยาศาสตร์วัสดุ ใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวเพื่อเพิ่มคุณสมบัติการยึดเกาะ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการปรุงแต่งยา โดยปรับปรุงความเสถียรและประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ บทบาทในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์รวมถึงการเร่งปฏิกิริยาต่าง ๆ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในกระบวนการผลิตทางเคมี เช่น ในอุตสาหกรรมสี กาว และสารเคลือบผิว โดยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์