N,N,N',N'-Tetramethylchloroformamidinium hexafluorophosphate ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา coupling reaction ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างพันธะคาร์บอน-ไนโตรเจน หรือคาร์บอน-ออกซิเจน มักใช้ในกระบวนการ peptide coupling เพื่อสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารกระตุ้นในปฏิกิริยาการเกิด esterification และ amidation ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเร็วของปฏิกิริยา ทำให้เป็นสารเคมีที่มีประโยชน์ในวงการวิจัยและพัฒนายา รวมถึงการสังเคราะห์สารชีวโมเลกุลอื่นๆ