Pentafluorophenyl acetate ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางปฏิกิริยาในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในเคมีเปปไทด์ มันทำหน้าที่เป็นตัวแทนอะซิเลตที่มีประสิทธิภาพ ช่วยในการนำกลุ่มอะซิทิลเข้าสู่โมเลกุลต่างๆ ความไวต่อปฏิกิริยาสูงทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาการจับคู่ ซึ่งช่วยในการก่อตัวพันธะอะไมด์ในการสังเคราะห์เปปไทด์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมเอสเทอร์และอนุพันธ์อื่นๆ มักใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยาหรือภายใต้สภาวะปฏิกิริยาอ่อนๆ กลุ่มฟีนิลฟลูออรีนของมันเพิ่มความเสถียรและความไวต่อปฏิกิริยา ทำให้เหมาะสำหรับการประยุกต์ใช้ในเภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูง