2-Azido-1,3-dimethylimidazolinium Hexafluorophosphate ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะสารเชื่อมยึด (coupling reagent) ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ระหว่างกรดอะมิโน ความตอบสนองสูงและประสิทธิภาพทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง โดยเฉพาะสำหรับลำดับที่ท้าทาย นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมไอโซไดด์ ซึ่งเป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ รวมถึงปฏิกิริยา click chemistry เช่น azide-alkyne cycloaddition เพื่อสร้างโครงสร้าง heterocyclic ที่ซับซ้อน ความเสถียรและความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์เพิ่มประสิทธิภาพในการแปลงเคมีต่างๆ รวมถึงการพัฒนายาและวัสดุชีวภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายทั้งในงานวิจัยทางวิชาการและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม