Dimethyl suberimidate dihydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารเชื่อมโยงข้าม (crosslinking agent) ในงานวิจัยทางชีวเคมีและอณูชีววิทยา มีประสิทธิภาพโดยเฉพาะในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและโครงสร้างโปรตีน เนื่องจากความสามารถในการสร้างพันธะโคเวเลนต์ระหว่างกลุ่มอะมิโนในโปรตีน สารเคมีนี้มักถูกนำมาใช้ในการเตรียมคอนจูเกตโปรตีน ซึ่งจำเป็นสำหรับการทดสอบทางภูมิคุ้มกันวิทยาต่างๆ เช่น ELISA และอิมมูโนฮิสโตเคมี นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการทำให้คอมเพล็กซ์โปรตีนคงที่สำหรับเทคนิคการวิเคราะห์โครงสร้าง เช่น การวิเคราะห์ด้วยรังสีเอ็กซ์คริสตัลโลกราฟีและกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการปรับเปลี่ยนเอนไซม์และแอนติบอดี เพื่อเพิ่มความเสถียรและการทำงานสำหรับวัตถุประสงค์ทางบำบัดและวินิจฉัย