S-Carboxyethylisothiuronium Chloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการปรับเปลี่ยนโปรตีนและเปปไทด์ โดยมีบทบาทสำคัญในกระบวนการคาร์บอกซีเอทิลเลชัน ซึ่งจำเป็นสำหรับการนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเข้าไปในชีวโมเลกุล สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ที่สำคัญในงานวิจัยชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษากิจกรรมของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนายา ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางทำให้มีคุณค่าสำหรับการผลิตโพลิเมอร์และวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะสำหรับการใช้งานในอุตสาหกรรม