ฟีนิลไซยาเนตใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมคาร์บาเมตและยูเรียผ่านปฏิกิริยากับเอมีนหรือแอลกอฮอล์ มันทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับนิวคลิโอไฟล์ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาโพลิเมอร์พิเศษ เช่น เรซินเอสเตอร์ไซยาเนต และวัสดุฟังก์ชันนัล นอกจากนี้ อนุพันธ์ของฟีนิลไซยาเนตยังใช้ในการศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ไอโซไซยาเนต สนับสนุนการวิจัยในด้านเคมีจลนศาสตร์และการเร่งปฏิกิริยา