ไซยาไนน์3 เอมีนถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเทคโนโลยีชีวภาพ โดยเฉพาะในการติดฉลากและตรวจสอบโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น DNA, RNA และโปรตีน เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสงที่แข็งแกร่งและเสถียร ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการศึกษาเชิงวิเคราะห์และการทดลองทางวิทยาศาสตร์ เช่น การใช้ในเทคนิค fluorescence in situ hybridization (FISH) เพื่อระบุตำแหน่งของยีนหรือลำดับ DNA บนโครโมโซม นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างภาพและการติดตามการเคลื่อนที่ของโมเลกุลภายในเซลล์ผ่านกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถเข้าใจกระบวนการทางชีววิทยาได้ลึกซึ้งยิ่งขึ้น