คลอไรด์พิแนไซยาโนลถูกใช้หลัก ๆ เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์ โดยเฉพาะสำหรับเพิ่มความชัดเจนของส่วนประกอบเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ มันมีประสิทธิภาพในการย้อมไมโตคอนเดรียและออร์แกเนลล์อื่น ๆ ช่วยนักวิจัยในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของเซลล์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในด้านการบำบัดด้วยโฟโตไดนามิกเนื่องจากคุณสมบัติที่ไวต่อแสง ซึ่งสามารถสร้างสารออกซิเจนปฏิกิริยาเพื่อกำหนดเป้าหมายและทำลายเซลล์ผิดปกติ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ คลอไรด์พิแนไซยาโนลถูกใช้เป็นสารเพิ่มความไวในฟิล์มถ่ายภาพและเป็นสีย้อมในแอปพลิเคชันทางแสงต่าง ๆ โดยใช้ประโยชน์จากความสามารถในการดูดซับและปล่อยแสงที่ความยาวคลื่นเฉพาะ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นสารประกอบที่หลากหลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและอุตสาหกรรม