Cy5.5 maleimide ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวการแพทย์สำหรับการติดฉลากโปรตีน เพปไทด์ และแอนติบอดี เนื่องจากความสามารถในการจับตัวเลือกเฉพาะกับกลุ่มไทออล คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการถ่ายภาพฟลูออเรสเซนต์และกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งช่วยในการแสดงภาพและติดตามโมเลกุลชีวภาพในเซลล์หรือเนื้อเยื่อที่มีชีวิต ช่วงการปล่อยแสงใกล้อินฟราเรดช่วยให้การทะลุทะลวงเนื้อเยื่อลึกขึ้นและลดการฟลูออเรสเซนต์พื้นหลัง ทำให้เหมาะสำหรับการศึกษาถ่ายภาพในร่างกาย เช่น การกำหนดเป้าหมายเนื้องอกและการติดตามระบบการส่งยา นอกจากนี้ ยังใช้ใน flow cytometry และ immunoassays เพื่อตรวจจับและวัดปริมาณโมเลกุลชีวภาพเฉพาะเจาะจงด้วยความไวสูง