Cy3.5 NHS ester ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและวิทยาศาสตร์การแพทย์ โดยเฉพาะในการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน แอนติบอดี และกรดนิวคลีอิก เพื่อใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุล การติดตามกระบวนการทางชีวภาพ และการถ่ายภาพด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนต์ ด้วยคุณสมบัติการเรืองแสงที่อยู่ในช่วงสีแดงถึงอินฟราเรดใกล้ ทำให้ Cy3.5 NHS ester เหมาะสมสำหรับการทดลองที่ต้องการลดสัญญาณพื้นหลังและเพิ่มความไวในการตรวจจับ นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น การวิเคราะห์เซลล์ด้วยโฟลว์ไซโตเมทรี และการทดสอบอิมมูโนฮิสโตเคมี เพื่อให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโครงสร้างและหน้าที่ของโมเลกุลในระบบชีวภาพ