ไซยาไนน์3 NHS เอสเตอร์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวการแพทย์และการวินิจฉัยเนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสง มักใช้เป็นสารตัวกลางสำหรับการติดฉลากโปรตีน เปปไทด์ แอนติบอดี กรดนิวคลีอิก และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ กลุ่มเอสเตอร์ NHS ช่วยให้เกิดการคอนจูเกตที่มีประสิทธิภาพกับอะมีนปฐมภูมิ สร้างพันธะโคเวเลนต์ที่เสถียรกับโมเลกุลเป้าหมาย ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานใน fluorescence microscopy, flow cytometry และ immunoassays เพื่อการแสดงภาพและติดตามกระบวนการทางชีววิทยาแบบเรียลไทม์ นอกจากนี้ยังใช้ใน molecular imaging และการศึกษาในหลอดทดลองเพื่อตรวจสอบปฏิสัมพันธ์ของเซลล์ การกระจายตัวของโปรตีน และพลวัต การเรืองแสงที่สว่างและความเสถียรต่อแสงทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสำหรับการตรวจจับและวิเคราะห์ที่ไวต่อความไวในสถานการณ์ทดลองต่างๆ