ไซยาไนน์ 5 NHS ester ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการติดฉลากโมเลกุลทางชีววิทยา เช่น โปรตีน, แอนติบอดี, และกรดนิวคลีอิก เพื่อการศึกษาด้วยเทคนิคการถ่ายภาพและการวิเคราะห์ทางชีวภาพ เนื่องจากมีความไวแสงสูงและให้สัญญาณเรืองแสงที่ชัดเจนในบริเวณใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในกล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนส์, การวิเคราะห์เซลล์ด้วยโฟลว์ไซโตเมทรี, และการทดสอบทางอิมมูโนวิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยด้านชีวการแพทย์ เช่น การติดตามการกระจายตัวของยาในร่างกายและการศึกษากระบวนการทางชีวเคมีภายในเซลล์