Cy5 carboxylic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวการแพทย์ เนื่องจากมีความสามารถในการเรืองแสงในบริเวณใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากและการติดตามโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และเซลล์ ในการทดลองทางวิทยาศาสตร์ มักใช้เป็นสารเรืองแสงในการศึกษาเชิงกลไกของปฏิกิริยาทางชีวเคมี การถ่ายภาพเซลล์ และการวินิจฉัยโรค นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น flow cytometry, fluorescence microscopy และการสร้างภาพในสัตว์ทดลอง เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการตรวจจับและวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวภาพ