Cy5.5 ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการถ่ายภาพทางการแพทย์และการวิจัยทางชีววิทยา เนื่องจากมีความสามารถในการแผ่รังสีใกล้อินฟราเรด (near-infrared fluorescence) ที่ช่วยให้สามารถมองเห็นโครงสร้างภายในร่างกายได้อย่างชัดเจนโดยไม่ทำลายเนื้อเยื่อ มักใช้ในการติดตามและตรวจสอบเซลล์มะเร็ง การศึกษาการกระจายตัวของยาในร่างกาย และการวินิจฉัยโรคต่าง ๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคโนโลยีการถ่ายภาพโมเลกุล (molecular imaging) เพื่อศึกษากระบวนการทางชีววิทยาในระดับเซลล์และโมเลกุล Cy5.5 ยังเป็นส่วนสำคัญในการพัฒนาชุดตรวจสอบทางชีวภาพ (biosensors) และเครื่องมือวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการอีกด้วย