Sulfo-Cy5.5, SE ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีววิทยาและทางการแพทย์ เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งและเสถียรภาพสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการติดฉลากโปรตีน เปปไทด์ และกรดนิวคลีอิก เพื่อใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น การทดสอบทางภูมิคุ้มกัน (immunoassays) การถ่ายภาพเซลล์ (cell imaging) และการถ่ายภาพในร่างกาย (in vivo imaging) นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษากระบวนการทางชีววิทยา เช่น การติดตามการเคลื่อนที่ของเซลล์และการกระจายตัวของโมเลกุลในระบบชีวภาพ เนื่องจากมีความไวสูงและสัญญาณรบกวนต่ำ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการวินิจฉัยทางการแพทย์