ซัลโฟ-ไซ5 ไดแอซิดถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการถ่ายภาพทางชีวภาพและการติดฉลากโมเลกุล เนื่องจากมีคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งในช่วงใกล้แสงอินฟราเรด ซึ่งช่วยให้การแทรกซึมเนื้อเยื่อลึกได้ดีพร้อมการรบกวนพื้นหลังน้อยที่สุด สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการจุลทรรศนศาสตร์เรืองแสง การวิเคราะห์โฟลว์ไซโตเมทรี และการถ่ายภาพในร่างกาย มักถูกคอนจูเกตกับแอนติบอดี เปปไทด์ หรือโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เพื่อติดตามกระบวนการเซลล์ การโต้ตอบของโปรตีน และตัวบ่งชี้โรค ความละลายในน้ำที่เพิ่มขึ้นจากกลุ่มซัลโฟเนตทำให้เหมาะสำหรับใช้ในระบบชีวภาพที่เป็นน้ำ นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในแอสเซย์วินิจฉัยและการศึกษาพัฒนายาเพื่อแสดงภาพและวัดปริมาณเป้าหมายทางชีวภาพด้วยความไวและความจำเพาะสูง โดยมีคุณสมบัติความเสถียรสูงที่เหมาะสำหรับการวิจัยทางชีววิทยาและวิทยาศาสตร์การแพทย์