Sulfo-Cy5 ethylenediamine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยทางชีววิทยาและวิทยาศาสตร์การแพทย์ เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งและความเสถียรสูง มักใช้ในการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน, แอนติบอดี, และกรดนิวคลีอิก เพื่อศึกษาและติดตามการทำงานของเซลล์และเนื้อเยื่อในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเทคนิคการถ่ายภาพด้วยแสง (optical imaging) และการวินิจฉัยโรค เช่น การตรวจหามะเร็งและการติดตามการกระจายตัวของยาในร่างกาย เนื่องจากสามารถตรวจจับได้ง่ายด้วยเครื่องมือถ่ายภาพสมัยใหม่