ซัลโฟ-ไซ5-SE ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและอิมมูโนวิทยา เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งและความเสถียรสูง มันมักถูกใช้ในการติดฉลากโปรตีน แอนติบอดี และกรดนิวคลีอิก เพื่อให้สามารถตรวจจับและวิเคราะห์ได้ด้วยเทคนิคต่างๆ เช่น กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ และโฟลว์ไซโตเมทรี นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาเซลล์และการติดตามกระบวนการทางชีวภาพในร่างกาย รวมถึงการวิจัยทางคลินิกเพื่อพัฒนาวิธีการวินิจฉัยโรคและการรักษาแบบเฉพาะเจาะจง