Sulfo-Cy7-SE ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการติดฉลากสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน, แอนติบอดี, และกรดนิวคลีอิก เพื่อใช้ในการศึกษาด้วยเทคนิคทางชีวภาพ เช่น การถ่ายภาพด้วยแสงใกล้อินฟราเรด (NIR imaging) และการไหลเวียนของเซลล์ (flow cytometry) เนื่องจากมีความสามารถในการปล่อยแสงในบริเวณใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในระบบชีวภาพที่มีการรบกวนจากพื้นหลังต่ำ นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการวิจัยทางด้านการแพทย์ เช่น การติดตามการกระจายตัวของยาและเซลล์ในร่างกายสัตว์ทดลอง รวมถึงการวินิจฉัยโรคและการศึกษากลไกทางชีววิทยาในระดับโมเลกุล