Cy3, SE ใช้เป็นสารติดฉลากฟลูออเรสเซนต์ในงานทางชีววิทยาและชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในการติดตามและวิเคราะห์โมเลกุลชีวภาพ เช่น DNA, RNA, และโปรตีน โดยมักใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น การถ่ายภาพเซลล์ (cell imaging), การวิเคราะห์ทางจุลทรรศน์ (microscopy), และการทดสอบทางอณูชีววิทยา (molecular assays) ความสามารถในการเปล่งแสงสีแดงของ Cy3 ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโมเลกุลในเซลล์และเนื้อเยื่อ