Cy3.5 diacid, SE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเทคโนโลยีการถ่ายภาพ โดยเฉพาะการติดฉลากสารชีวโมเลกุล เช่น DNA, RNA และโปรตีน เพื่อใช้ในการศึกษาด้วยกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์หรือเครื่องมือวิเคราะห์อื่นๆ เช่น flow cytometry เนื่องจากมีความไวสูงและให้สัญญาณฟลูออเรสเซนต์ที่เสถียร นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางการแพทย์และการวินิจฉัยโรค เช่น การติดตามเซลล์มะเร็งหรือการวิเคราะห์ปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลในเซลล์ Cy3.5 diacid, SE มีคุณสมบัติที่เหมาะสมสำหรับการใช้งานในสภาพแวดล้อมทางชีวภาพและให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำในการทดลองทางวิทยาศาสตร์