Cy5.5 diacid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านการถ่ายภาพและการติดตามโมเลกุลในร่างกาย เนื่องจากมีความสามารถในการเปล่งแสงใกล้อินฟราเรด (near-infrared fluorescence) ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นเนื้อเยื่อได้ลึกและชัดเจนขึ้น นอกจากนี้ยังถูกใช้ในกระบวนการติดฉลากโปรตีนหรือเซลล์เพื่อศึกษากระบวนการทางชีววิทยา เช่น การเคลื่อนที่ของเซลล์หรือการกระจายตัวของยาในร่างกาย Cy5.5 diacid ยังเป็นส่วนสำคัญในการพัฒนาวิธีการวินิจฉัยโรคและการทดสอบประสิทธิภาพของยาอีกด้วย