ไซ5.5, SE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีวภาพและการแพทย์ โดยเฉพาะในการติดฉลากโมเลกุลเพื่อการตรวจจับและวิเคราะห์ เนื่องจากมีความไวสูงและความสามารถในการปล่อยแสงใกล้อินฟราเรด ซึ่งทำให้เหมาะสำหรับการถ่ายภาพในร่างกาย (in vivo imaging) โดยเฉพาะในสัตว์ทดลอง นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคนิค immunoassay และ flow cytometry เพื่อศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลและเซลล์ รวมถึงการติดตามการกระจายตัวของยาและสารชีวโมเลกุลในร่างกาย เนื่องจากมีความเสถียรและให้สัญญาณที่ชัดเจน ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา