Cy5.5 ethylenediamine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการถ่ายภาพทางการแพทย์และการวิจัยทางชีววิทยา เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่อยู่ในช่วงใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการติดตามและวิเคราะห์กระบวนการทางชีวภาพในร่างกายโดยไม่รบกวนเนื้อเยื่อ เช่น การศึกษาการกระจายตัวของยา การติดตามเซลล์มะเร็ง และการวินิจฉัยโรค นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาระบบส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการรักษาและลดผลข้างเคียง