Cy7, SE ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและทางการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านการถ่ายภาพและการติดตามเซลล์ เนื่องจากมีความสามารถในการเรืองแสงในบริเวณใกล้อินฟราเรด (NIR) ซึ่งช่วยให้สามารถถ่ายภาพเนื้อเยื่อลึกได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยไม่รบกวนเนื้อเยื่อรอบข้าง มักใช้ในการติดฉลากโปรตีน แอนติบอดี หรือโมเลกุลอื่นๆ เพื่อศึกษาและติดตามการเคลื่อนที่หรือการมีอยู่ของโมเลกุลเหล่านี้ในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวินิจฉัยโรคและการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อติดตามการกระจายตัวของยาในร่างกาย