คริปโตไซยานีนถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการถ่ายภาพและการแพทย์ โดยเฉพาะในกระบวนการถ่ายภาพอินฟราเรด เนื่องจากมีความสามารถในการดูดซับแสงในช่วงคลื่นที่เหมาะสม ทำให้เป็นสารสำคัญในการสร้างฟิล์มถ่ายภาพที่ไวต่อแสงอินฟราเรด นอกจากนี้ยังมีการศึกษาในการนำคริปโตไซยานีนมาใช้ในการรักษาโรคมะเร็งด้วยวิธีการโฟโตไดนามิกเทอราพี (Photodynamic Therapy) ซึ่งสารนี้จะถูกกระตุ้นด้วยแสงเพื่อสร้างออกซิเจนชนิดปฏิกิริยา (Reactive Oxygen Species) ที่สามารถทำลายเซลล์มะเร็งได้อย่างมีประสิทธิภาพ