Hexaketocyclohexane hydrate ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อนต่างๆ โครงสร้างของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์สารโพลีฟีนอลิก ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมวัสดุขั้นสูง โดยเฉพาะในสาขาเคมีเชิงประสานที่สามารถทำหน้าที่เป็นลิแกนด์ในการสร้างโครงสร้างโลหะ-อินทรีย์ (MOFs) ซึ่งมีศักยภาพในการเก็บก๊าซและการเร่งปฏิกิริยา บทบาทของมันในเคมีวิเคราะห์ก็เด่นชัดเช่นกัน โดยทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับปฏิกิริยาเคมีและการทดสอบเฉพาะเจาะจง