3-(เบนซิลอกซี)ไซโคลบิวทานอล ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าในการพัฒนายา เนื่องจากโครงสร้างวงแหวนไซโคลบิวเทนสามารถนำเข้าไปในยาเพื่อส่งผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร นอกจากนี้ กลุ่มเบนซิลอกซีทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับแอลกอฮอล์ ซึ่งช่วยให้สามารถเกิดปฏิกิริยาเลือกที่ได้เฉพาะที่ตำแหน่งอื่นของโมเลกุล สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์น้ำหอมและเคมีภัณฑ์ละเอียด โดยโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเสริมคุณสมบัติที่ต้องการของผลิตภัณฑ์สุดท้าย