4,4-Difluorocyclohexanecarbonitrile ใช้เป็นสารกลางในกระบวนการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านการอักเสบหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากโครงสร้างฟลูออรีนที่เป็นเอกลักษณ์ ซึ่งสามารถมีอิทธิพลต่อคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย การประยุกต์ใช้ขยายไปยังวิทยาศาสตร์วัสดุ ที่ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาวัสดุขั้นสูงที่มีลักษณะการทำงานเฉพาะ