2-Cyclopentylethanamine hydrochloride ถูกใช้ในงานวิจัยทางเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ มีบทบาทในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยาลดความวิตกกังวล กลุ่ม cyclopentyl ของมันช่วยเพิ่มความ lipophilic ของโมเลกุล ทำให้สามารถผ่านกำแพงเลือด-สมอง (blood-brain barrier) ได้ดีขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในเคมีอินทรีย์สำหรับการเตรียมตัวเร่งปฏิกิริยาแบบ chiral และลิแกนด์ในการสังเคราะห์แบบ asymmetric