ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาฟลูออรีน (fluorinated pharmaceuticals) โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรทางเมตาบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับเป้าหมายที่ดีขึ้น โครงสร้างแกนไซโคลโพรเพนพร้อมสารย่อยฟลูออรีนช่วยให้เกิดความแข็งตัวทางโครงสร้าง (conformational rigidity) และเพิ่ม lipophilicity ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการปรับปรุงยาตัวสมัคร (drug candidates) ใช้บ่อยในการเตรียมยายับยั้งโปรติเอส (protease inhibitors) และยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (central nervous system agents) โดยที่การฟลูออรีนมีบทบาทสำคัญต่อคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ (pharmacokinetic properties) นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในด้าน agrochemicals สำหรับการออกแบบสารกำจัดวัชพืช (herbicides) และยาฆ่าแมลง (insecticides) ที่มีเสถียรภาพต่อสิ่งแวดล้อมและความจำเพาะต่อเป้าหมายเพิ่มขึ้น