ไอโซไซยาโนไซโคลโพรเพนถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในการผลิตโมเลกุลที่มีไซโคลโพรเพน กลุ่มไอโซไซยาเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการเตรียมโพลิเมอร์ สารเคลือบ และกาว ซึ่งช่วยเพิ่มความทนทานและความต้านทานต่อสารเคมี โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมโพลียูรีเทนสำหรับโฟม กาว และสารเคลือบ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร ซึ่งโครงสร้างวงแหวนไซโคลโพรเพนสามารถให้กิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นเอกลักษณ์ เนื่องจากมีความเสถียรและสามารถเกิดปฏิกิริยาเคมีได้หลากหลาย สารนี้ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาอนุพันธ์ไซโคลโพรเพนและการประยุกต์ที่เป็นไปได้ในวิทยาศาสตร์วัสดุและเคมียารักษาโรค