เฮกซะคลอโรอีเทนถูกใช้ในหลายอุตสาหกรรมและงานเฉพาะทาง หนึ่งในการใช้งานหลักคือในด้านการทหาร โดยใช้เป็นส่วนประกอบในเครื่องสร้างควันเพื่อสร้างม่านควันสำหรับการอำพรางหรือฝึกซ้อม นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการทางโลหะวิทยาเพื่อเป็นตัวหล่อลื่นหรือตัวช่วยในการหลอมโลหะบางชนิด ในอดีตเคยใช้เป็นยาถ่ายพยาธิในสัตว์ แต่ปัจจุบันไม่เป็นที่นิยมเนื่องจากผลกระทบต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม เฮกซะคลอโรอีเทนยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการเคมีเป็นสารตั้งต้นหรือรีเอเจนต์ในการสังเคราะห์สารเคมีอื่น ๆ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากความเป็นพิษและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม การใช้งานจึงถูกควบคุมอย่างเข้มงวดในหลายประเทศ