กัวนิดีนซัลเฟตถูกใช้อย่างแพร่หลายในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลในฐานะสารทำให้โปรตีนเสียสภาพ (protein denaturant) ซึ่งช่วยในการคลายโครงสร้างโปรตีน ทำให้มีคุณค่าในการศึกษาความโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการชำระล้างกรดนิวคลีอิก โดยเฉพาะ RNA โดยการรบกวนโครงสร้างทุติยภูมิและอำนวยความสะดวกในการแยกตัว ในงานอุตสาหกรรม ใช้เป็นสาร стабилизаторในการผลิตสีย้อมและเภสัชภัณฑ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ