กวานิดีน ไฮโดรไอโอไดด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสาร denaturing ที่แรงสำหรับโปรตีน โดยมีประสิทธิภาพสูงในการทำลายพันธะไฮโดรเจน ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษาโครงสร้างการพับและกระบวนการ denature ของโปรตีน นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร ความสามารถในการเป็นเบสที่แรงและ nucleophile ทำให้มีประโยชน์ในปฏิกิริยาเคมีบางชนิด เช่น การสังเคราะห์ฮีเทอโรไซเคิลและโมเลกุลซับซ้อนอื่นๆ ในชีวเคมี ใช้ในการละลายโปรตีนและกรดนิวคลีอิก เพื่อช่วยในการสกัดและทำให้บริสุทธิ์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารกึ่งตัวนำและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์บางประเภท เช่น perovskite solar cells เนื่องจากช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพและความเสถียรของวัสดุเหล่านี้