กวานิดีนไฮโดรคลอไรด์ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการทำให้โปรตีนเสียสภาพ ช่วยในการคลายโครงสร้างโปรตีนโดยการรบกวนพันธะไฮโดรเจนและปฏิกิริยาพันธะไฮโดรคาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษากโครงสร้างและการทำงานของโปรตีน ยังใช้ในกระบวนการสกัด RNA ซึ่งช่วยในการสลายเยื่อหุ้มเซลล์และยับยั้งนิวคลีเอส เพื่อรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่าง RNA นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารโคโทรอปิกในโครมาโทกราฟีแบบแอฟฟินิตี เพื่ออำนวยความสะดวกในการทำให้บริสุทธิ์ของโปรตีนและกรดนิวคลีอิก ในชีวเคมี ใช้ในการละลายก้อนรวมของโปรตีน เพื่อช่วยในการพับโครงสร้างใหม่ของโปรตีนรีคอมบิแนนต์ใหม่ บทบาทเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญของมันในกระบวนการวิจัยและเทคโนโลยีชีวภาพ