กัวนิดีนไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการทำให้โปรตีนเสียสภาพ (denaturation) โดยช่วยในการคลายโครงสร้างโปรตีน ทำให้มีประโยชน์ในการศึกษาการพับตัวและความเสถียรของโปรตีน สารนี้ยังถูกใช้ในการชำระล้าง inclusion bodies ซึ่งช่วยในการละลายโปรตีนที่แสดงออกในระบบแบคทีเรีย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสาร chaotropic ในการแยกสกัด RNA โดยช่วยในการทำลายโครงสร้างเซลล์เพื่อปล่อยกรดนิวคลีอิก กัวนิดีนไฮโดรคลอไรด์ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ ความสามารถในการรบกวนพันธะไฮโดรเจนทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมที่ต้องการการจัดการโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิก