สารละลายคูมัสซีบลูที่ใช้ในการฟอกสีมักถูกนำไปใช้ในห้องปฏิบัติการทางชีวเคมีและอณูชีววิทยา เพื่อลบสีที่ติดอยู่บนเจลโพลีอะคริลาไมด์หลังจากการย้อมด้วยคูมัสซีบลู อาร์-250 ในกระบวนการวิเคราะห์โปรตีนด้วยเทคนิค SDS-PAGE โดยสารละลายนี้ช่วยกำจัดสีส่วนเกินที่ไม่ได้จับกับโปรตีน ทำให้สามารถเห็นแถบโปรตีนได้ชัดเจนขึ้น และเตรียมเจลสำหรับขั้นตอนต่อไป เช่น การยืนยันผลด้วยเทคนิคเวสเทิร์นบลอต นอกจากนี้ยังช่วยลดการรบกวนจากสีที่เหลืออยู่ในการวิเคราะห์ภาพเจลด้วยเครื่องสแกนเนอร์หรือซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพ