2,4-Dinitrophenol-d3 ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมและพลังงานในเซลล์ ด้วยการติดตามไอโซโทปของไฮโดรเจน (ดิวเทอเรียม) ที่อยู่ในโครงสร้าง ทำให้สามารถวิเคราะห์และติดตามปฏิกิริยาเคมีในระบบชีวภาพได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังมีการใช้เป็นสารมาตรฐานในการวิเคราะห์ทางเคมีและชีวเคมี เพื่อตรวจวัดปริมาณและความบริสุทธิ์ของสารตัวอย่างในห้องปฏิบัติการ