Clomipramine D3 ใช้หลักเป็นสารมาตรฐานภายในในเคมีวิเคราะห์สำหรับการกำหนดปริมาณ clomipramine ในตัวอย่างชีวภาพต่างๆ รูปแบบที่ถูก deuterated ช่วยให้การวัดที่แม่นยำและถูกต้องในเทคนิคเช่น liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) หรือ gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) การประยุกต์นี้นับว่าสำคัญในงานศึกษาฟาร์มาโคไกเนติกส์ การตรวจติดตามยารักษา และพิษวิทยากองทุน ซึ่งช่วยให้ผลลัพธ์ที่น่าเชื่อถือและสามารถทำซ้ำได้โดยลดการรบกวนจากสารเอ็นโดจีนัส นอกจากนี้ยังช่วยในการพัฒนาและตรวจสอบวิธีวิเคราะห์สำหรับการตรวจจับ clomipramine ในงานวิจัยและการตั้งค่าคลินิก