เมทิลไดซัลไฟด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเกษตรกรรมเป็นสารรมควันดินเพื่อควบคุมไนมาโตด วัชพืช และเชื้อโรคในดิน โดยมีประสิทธิภาพสูงในการเตรียมพื้นที่เพาะปลูกสำหรับพืชผลมูลค่าสูง เช่น สตรอว์เบอร์รี มะเขือเทศ และพริก ในภาคปิโตรเคมี มันทำหน้าที่เป็นแหล่งกำมะถันในกระบวนการกลั่นน้ำมันและเป็นสารเติมแต่งในน้ำมันหล่อลื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร เนื่องจากมีบทบาทเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในปฏิกิริยาเคมี กลิ่นที่รุนแรงของมันยังทำให้เหมาะสมสำหรับใช้เป็นสารเตือนกลิ่นในก๊าซธรรมชาติและก๊าซที่ไม่มีกลิ่นอื่นๆ เพื่อจุดประสงค์ด้านความปลอดภัย