MGB-BP-3 ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในสาขาชีววิทยาโมเลกุลและพันธุศาสตร์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาใหม่ ๆ สำหรับการบำบัด การประยุกต์ใช้มุ่งเน้นไปที่การกำหนดเป้าหมายลำดับ DNA เฉพาะ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการแก้ไขยีนและการควบคุม นักวิจัยใช้ MGB-BP-3 เพื่อเพิ่มความแม่นยำในการจับกับร่องย่อยของ DNA ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการปรับการแสดงออกของยีนและการศึกษากลไกทางพันธุกรรม นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการออกแบบโอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบแอนติเซนส์ ซึ่งใช้ในการยับยั้งการแสดงออกของยีนที่ก่อให้เกิดโรค ความสามารถในการทำให้ปฏิกิริยาระหว่าง DNA เสถียรยังช่วยในการประยุกต์ใช้ด้านการวินิจฉัย เช่น การตรวจหาการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมหรือเชื้อก่อโรคในตัวอย่างทางคลินิก โดยรวมแล้ว MGB-BP-3 สนับสนุนอย่างมีนัยสำคัญต่อการพัฒนาการวิจัยทางพันธุกรรมและนวัตกรรมการบำบัด