ใช้ DNA Ladder เป็นเครื่องหมายอ้างอิงในการวิเคราะห์ขนาดของชิ้นดีเอ็นเอผ่านกระบวนการเจลอิเล็กโทรโฟรีซิส โดยเมื่อแยกชิ้นดีเอ็นเอในเจล แล้วเปรียบเทียบแถบของ DNA Ladder ที่มีขนาดรู้จักกับแถบที่เกิดจากตัวอย่าง จะสามารถประมาณขนาดของดีเอ็นเอในตัวอย่างได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการตรวจสอบผลการเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วย PCR การแยกย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ หรือการตรวจสอบคุณภาพของดีเอ็นเอที่สกัดได้ นิยมใช้ในงานวิจัยทางพันธุศาสตร์ งานตรวจสอบพันธุ์ หรืองานนิติวิทยาศาสตร์