BQ-123 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาระบบเอ็นโดธีลิน ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมความดันโลหิตและการทำงานของหลอดเลือด มันเป็นตัวยับยั้งตัวรับเอ็นโดธีลินเอ (ETA) แบบเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในการศึกษาสภาวะต่างๆ เช่น ภาวะความดันโลหิตสูง ภาวะความดันโลหิตในปอดสูง และภาวะหัวใจล้มเหลว โดยการยับยั้งตัวรับ ETA ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจกลไกของการหดตัวของหลอดเลือดและการปรับโครงสร้างหลอดเลือด นอกจากนี้ BQ-123 ยังถูกใช้ในงานศึกษาก่อนคลินิกเพื่อสำรวจผลกระทบทางรักษาที่เป็นไปได้ในโรคที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณเอ็นโดธีลินที่ผิดปกติ การนำไปใช้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาการรักษาแบบกำหนดเป้าหมายสำหรับโรคหัวใจและหลอดเลือด以及โรคปอด