PYR-41 ถูกใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของระบบยูบิควิติน-โปรตีเอโซม ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมการสลายโปรตีนภายในเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง PYR-41 เป็นสารยับยั้งเอนไซม์ E1 ที่เกี่ยวข้องในกระบวนการยูบิควิติเนชัน ทำให้สามารถศึกษาผลกระทบของการยับยั้งกระบวนการนี้ต่อการทำงานของเซลล์และโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง เนื่องจากระบบยูบิควิติน-โปรตีเอโซมมีบทบาทสำคัญในการควบคุมวงจรชีวิตของเซลล์ การอักเสบ และการตอบสนองต่อความเครียดของเซลล์ นอกจากนี้ PYR-41 ยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่กระบวนการยูบิควิติเนชันเพื่อการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการทำงานผิดปกติของระบบนี้