MRT68921 hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากระบวนการ autophagy ซึ่งเป็นกระบวนการสำคัญในเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายและการนำกลับมาใช้ใหม่ของส่วนประกอบเซลล์ มันทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงของ ULK1 ซึ่งเป็น kinase สำคัญที่ควบคุมการเริ่มต้นของ autophagy นักวิจัยใช้สารประกอบนี้เพื่อตรวจสอบกลไกของ autophagy และบทบาทของมันในสภาวะทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่าง ๆ เช่น มะเร็ง โรคเสื่อมถอยของระบบประสาท และการติดเชื้อ โดยการยับยั้ง ULK1 มันช่วยให้เข้าใจเส้นทางและเป้าหมายการรักษาที่เป็นไปได้สำหรับโรคที่ autophagy ผิดปกติ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการค้นพบและพัฒนายาเพื่อคัดกรองและตรวจสอบสารประกอบที่เล็งเป้าไปที่กระบวนการที่เกี่ยวข้องกับ autophagy