เพนิซิลลิเนส ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อทำลายเพนิซิลลินในตัวอย่างชีวภาพ เพื่อป้องกันการยับยั้งของเพนิซิลลินต่อแบคทีเรียที่ไวต่อยาในระหว่างการเพาะเชื้อ โดยเฉพาะเมื่อต้องการตรวจหาหรือแยกเชื้อที่ดื้อต่อเพนิซิลลิน นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตยาปฏิชีวนะเพื่อควบคุมระดับของเพนิซิลลินในระหว่างการสังเคราะห์ และอาจใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับกลไกการดื้อยาของแบคทีเรีย เพื่อพัฒนาแนวทางการรักษาที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น