โอทามิซาบานถูกใช้เป็นสารป้องกันการแข็งตัวของเลือดในสถานพยาบาล โดยออกแบบมาเพื่อยับยั้งการทำงานของ Factor Xa ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในกระบวนการแข็งตัวของเลือด ทำให้มีประสิทธิภาพในการป้องกันการเกิดลิ่มเลือด ซึ่งจำเป็นสำหรับการจัดการภาวะเช่น กลุ่มอาการหลอดเลือดหัวใจเฉียบพลัน (acute coronary syndromes) และระหว่างการแทรกผ่านหลอดเลือดหัวใจ (percutaneous coronary interventions) การนำไปใช้มีคุณค่าอย่างยิ่งในสถานการณ์ที่ต้องการการป้องกันการแข็งตัวของเลือดอย่างรวดเร็วและย้อนกลับได้ โดยเป็นทางเลือกที่ปลอดภัยกว่าสำหรับสารป้องกันการแข็งตัวอื่นที่มีระยะเวลาการออกฤทธิ์นานกว่า โอทามิซาบานมักให้ทางหลอดเลือดดำ เพื่อให้เริ่มออกฤทธิ์อย่างรวดเร็ว ซึ่งจำเป็นในสถานการณ์ทางการแพทย์เฉียบพลัน